Boxtrollen zijn bijzondere wezens die onder de grond leven. Ze hebben een weesjongetje uit de stad Kaasbrugge geadopteerd en noemden hem Eitjes. Wanneer ze bedreigd worden door een gemene slechterik zoekt Eitjes hulp bij de mensen in de stad boven de grond en ontmoet het avontuurlijke meisje Winnie. Samen ontdekken ze dat het niet uitmaakt waar je vandaan komt, waar je woont en wie je ouders zijn; want Winnie en Eitjes sluiten echte vriendschap voor het leven.