En 1897, à Londres, Basil, la souris détective, est appelé à l’aide par Olivia. En effet, celle‐ci a été témoin de l’enlèvement de son père, l’inventeur M. Flaversham, par une inquiétante chauve‐souris. L’enquêteur comprend alors qu’il s’agit de Fidget, le sous‐fifre de l’ignoble Ratigan… Ce dernier a pour ultime dessein de prendre la place de la reine des souris ! Basil va alors tout faire pour l’en empêcher et ramener M. Flaversham sain et sauf auprès de sa fille.